Als ein Herr Altum im Jahre 1142 zwei Morgen Weinberg in villa segeniz an das Domstift zu Würzburg verschenkt, wird der Ortsname erstmals urkundlich erwähnt.

Doch schon viel früher, vor mehr als 3000 Jahren, lebten Menschen auf dem Gebiet der heutigen Segnitzer Gemarkung: Westlich des Ortes, auf dem "Kleinen Anger", fand man 1972 ein ausgedehntes vorgeschichtliches Gräberfeld, aus dem eine stattliche Sammlung an bronze- und hallstattzeitlichen Funden geborgen werden konnte.

Wann das heutige Segnitz entstand, ist nicht genau bekannt.

Der Fund eines Gräberfeldes aus merowingischer Zeit am nördlichen Dorfrand lässt aber vermuten, dass es bereits um 750 nach Christus eine Ansiedlung an heutiger Stelle gab. Die Ergebnisse dieser Ausgrabung und die Funde aus dem "Kleinen Anger" können im Museum in der alten Schule besichtigt werden.

Es ist anzunehmen, dass Segnitz ursprünglich zum Bistum Würzburg gehörte. Im 13. Jahrhundert kam das Kloster Auhausen an der Wörnitz in den Genuss von Einkünften aus dem Dorf. Den anderen Teil überließ man zunächst den Herren von Enheim, die sich im Jahre 1416 mit den Freiherrn von Zobel aus Giebelstadt arrangierten. 1448 wurde Segnitz kirchlich selbständig, das heißt von der Mutterkirche Frickenhausen getrennt und mit einem eigenen Pfarrer besetzt. Im Bauernkrieg eignete sich der Markgraf von Ansbach-Brandenburg unter anderem auch die Segnitzer Güter des Klosters Auhausen an und führte im Jahre 1601 die Lutherische Lehre ein.

Segnitz hatte es fortan mit zwei Dorfherren verschiedener Konfession zu tun: Mit den katholischen Freiherrn von Zobel und den evangelischen Markgrafen von Ansbach-Brandenburg. Diese Doppelherrschaft zog sich hin bis zum Beginn des 19. Jahrhunderts, als sich die alten Herrschaftsverhältnisse auflösten und Segnitz 1803 bzw. 1814 nach einem Toskana-Würzburgischen Zwischenspiel (1805 bis 1814) endgültig dem Königreich Bayern angegliedert wurde. Das Gemeindewappen mit dem Schwarzweiß des Ansbach-Brandenburgischen Schildes und dem Zobelschen Pferdekopf aber erinnert noch heute an die einstigen Herren.